Parafia i kościół zostały ufundowane przez Krzyżaków w XIV w. Pierwotnego kościoła Trójcy Świętej, który spłonął podczas wojny polsko - krzyżackiej w 1410 r., nie odbudowano. Parafia, przyłączona do parafii w Szwarcenowie, stała się jej filią. Od 1895 r. należała do parafii w Biskupcu Pomorskim. Mieszkańcy Krotoszyn występowali z licznymi petycjami do Kurii Biskupiej w Pelplinie w celu reaktywowania parafii. 6 sierpnia 1922 r. utworzyli Komitet Budowy Kościoła, który zajął się adaptacją dużego budynku mieszkalnego na kaplicę. W późniejszym czasie dobudowano do niego wieżę. Poświęcenia kościoła Trójcy Świętej dokonał dziekan ks. Feliks Dobbek 17 lipca 1923 r. Samodzielną parafię w Krotoszynach reaktywował biskup chełmiński Augustyn Rosentreter aktem z 7 czerwca 1924 r.
W lipcu 2004 roku biskup toruński wydał zgodę na budowę nowego kościoła. Budowa rozpoczęła się niezwłocznie.